转载自：掌心的向日葵（微信公众号）
我们中绝大多数人第一次见到基因报告，大概都是在孩子生病后，申请基因相关检查，才看到的。目前，在临床上最常被用到的应该是WES也就是外显子组测序，外显子组是蛋白质的编码区，他虽然只占人类基因组的1% ，但是却可以筛查到70%-85%的已知OMIM基因，可以说是性价比极高的基因检测项目了，比较建议大家直接找基因公司申请检查，通常会比医院代收费检查要相对便宜。当然还有CNV拷贝数， 染色体核型分析，WGS全基因组，以及线粒体环基因等检测项目，这里就不一一展开了。我们先了解一下最基础的基因报告解读和分析。上一篇我们说了突变每个人身上都会有，但绝大多数都是无害的，突变中最常见的通常是错义突变，因为其他的，像移码突变、无义突变这些是对基因功能危害较大的突变，理论上是要相对罕见一些，而错义突变只是一个位点的突变，更常见些。下面开始说基因报告的解读。
基因报告虽然各家检测机构形式不同，但是基本都可以按照结果呈现的表格逐列解读，我以我儿子的华大出的基因报告为例：
第一列：基因名称 KAT6A（后面自己去查资料可以知道具体名称，我们这个基因叫做‘组蛋白乙酰转移酶6A‘ -我的浅显的理解，但凡是个***酶，在机体里的角色一般都相对重要大概率起着或调节或修饰的作用，累及器官会较多）
第二列：染色体的位置和转录本号：c h r表示染色体，紧跟着的数字或者X表示是哪条染色体，最后的数字是发生突变在这条染色体上的具体位置。
第三列：转录本编号和核苷酸变化：这是最重要的一列信息NM是转录本号 C表示编码区，C后面的数字表示发生变异的位置，数字后面是变异的类型。P表示蛋白质 ，后面的三个字母表示一种氨基酸。棒棒的这个报告就是C.2143-2145del AAG指的是这个位置丢失了AAG三个碱基的意思。再后面P.Lys715del是编码蛋白质少了一个赖氨酸（赖氨酸的碱基组合是AAG或AAA）不幸中的的万幸，是棒棒缺失的三个碱基是同位氨基酸。所以，这个突变只会造成编码的蛋白质稍稍短了一小截，如果缺失的不是同位氨基酸，或者缺的不是正好三个碱基，就会殃及后面所有的氨基酸，全部变得面目全非，那么这种突变就不是缺失突变而上升为了移码突变，生物效应直接是LOF，也就是蛋白质降解，危害形式就大了很多。（但这不是绝对的，因为有些特殊基因反而框移无害，错义危害高）
第四列：基因亚区：表明突变在这条基因的哪个区域。
第五列：基因型：表明突变是纯合（同基因同位点）、复合杂合（同基因不同位点）、杂合 还是半合子（男性突变发生X染色体的描述）。
第六列：致病性分类（ACMG）这个是有特定公式的，按照ACMG5级评级，用P表示致病性，用LP表示可能致病，VUS表示意义未明。是指通过各种分析证据得出的一个综合评级。
第七列：相关疾病/遗传模式（ AD为显性遗传 AR为隐性遗传），这里有写与该基因相关疾病以及OMIM编号（OMIM全称是Online Mendelina Inheritance in Man 是一个不断更新的人类孟德尔遗传病数据库）包含了疾病名称和遗传方式，这里的疾病名称和遗传方式都是来自于OMIM数据库，遗传方式要结合基因型来看，这样可以判断在某种遗传方式下所检测到的基因型是否符合遗传规律。当然，还要结合后面父母的点位来验证变异来源。
第八列：家系成员检出情况：表示变异来源是来自父母，还是新发 。
通常后面说明里还会有一个人群频率，列出的参考了四个频率数据库，以及在这四个数据库里面的MAF值，MAF值就是次要等位基因频率，可以理解为人群分布律，越低越罕见，越有可能是致病的突变。
下面我在列一下常见的变异描述符号和简写
“ > “ 大于号 表示碱基置换，如G>A就是原本应该是腺嘌呤被置换成了鸟嘌呤
“del“表示缺失 上面已经详细举例了棒棒的报告，就是三个碱基del
“dup“表示重复
“ins”表示插入
”delins”表示同时有缺失和插入
”con”表示转换
”fs”表示移码(frame shift)-变异在起始密码子和终止密码子中发生了框移
”LOF”（lose of function）-功能丧失
”Ext”延伸-突变发生在起始密码子或终止密码子上，导致氨基酸被延长
解读完毕之后我们就可以开始相关的文献搜寻了，即使是同基因由于位点不同，突变类型不同临床表现也会千差万别，同位点的突变相对参考价值最大。下面我列出最常用的文献搜索网站
- OMIM https://omim.org/ 这个大致看一下就行，里面没有案例只有疾病编录
- Pubmed 很多基因报告会有写你这个突变的相关案例，比如PMID：88888就是PubMed里编号88888的文献，
网址 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
然后输入你要查询的基因或者直接输入文献ID号
- NCBI S生物数据资料库
网址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- nct网站 这是一个临床数据网站，可以辅助查询药品临床数据，网址 https://clinicaltrials.gov/
- Facebook 这是个APP 其实大部分基因以及罕见病都可以在Facebook上找找国际大家庭，这可比医生看到的数据库资料和临床案例生动多了也丰富多了，我儿子的KAT6A基因在PubMed上相关文献仅85篇，记录在案的患者数量也仅仅105例，而国际患者群数量高达近千人，如图 ，这就是我们基因的国际群。
学到这里，是不是觉得也没那么难了
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